Finalmente, descobri hoje uma forma de inserir comentários em ficheiros pdf
http://www.ecademix.com/JohannesHofmann/flpsed.html
é só preciso instalar antes o fltk, fltk-devel, e fltk-fluid (no Fedora extras), instalar o flpsed, e pronto, 5**... Com o kpdf, o pdftk (http://www.pdfhacks.com/pdftk/) e o flpsed, quem precisa do acrobat??!